国枫观察 | 成长中的S基金（四）：份额转让型S交易的税务分析及筹划——以所得税为例

由于特殊的交易目的及安排，相较于普通的基金投资活动，S交易需要在税务处理上考虑得更为广泛和复杂，无论是以何种形式，在何种层面展开。本文拟讨

论最常见的份额转让型S交易的共性问题，为S交易各方对税负的分析及筹划提供预期和参考。

S交易可能通过本系列开篇《成长中的S基金（一）：交易概览与运作模式》中介绍的各种交易模式进行，但无论S交易发生在项目层面或是基金层面，也无论

S交易以份额转让型交易、直投型交易、接续型交易或收尾型交易模式开展，都会涉及S交易发生前基金收益的分配、S交易过程中价款或资产分配等问题。篇

幅所限，本文主要聚焦于合伙企业形式的基金进行份额转让型S交易可能遇到的共性所得税问题。我国私募股权投资基金和创业投资基金主流采用有限合伙企

业作为投资平台。现行《中华人民共和国合伙企业法》出台至今已有18年的历史。经过漫长的岁月，目前合伙企业特别是有限合伙企业的税制仍然依赖早期

的税收立法，缺乏清晰完整的规则，部分涉税元素甚至在税收和法律上存在不同定义和理解。而且S基金作为正在成长中的特殊基金，其交易存在部分有别于

普通基金投资的税务关注点。本文拟主要在“合伙人所得税纳税义务一般规定”、“合伙份额转让所得税处理”、“合伙份额转让的税基穿透”这三个最常

见的合伙制基金下的共性问题展开。

一、合伙人所得税纳税义务一般规定

根据《159号文》的规定，因为合伙企业是“税收透明体”，一旦合伙企业产生任何所得，无论合伙企业是否实际向合伙人分配或支付该等所得，合伙人的纳

税义务将于合伙企业所得产生时点自动发生。

（一）自然人合伙人

需要提请自然人合伙人和基金注意的是，相关税务监管文件已经明确了自然人合伙人的缴纳期限和纳税主体。根据《税总稽便函[2018]88号》，自然人合伙

人纳税义务按年计算，分月预缴，由纳税义务人在次月十五日内预缴，年度终了后三个月内汇算清缴，多退少补。在S基金进行自然人份额转让的交易过程中，

如卖方合伙人在交易前已经预缴的个税和年终汇算清缴的结果不一致，则自然人份额转让的买方、卖方和合伙企业在此时均需要厘清自己的税负位置和责任。

根据相关法律法规，卖方合伙人是交易完成前合伙企业产生所得的纳税义务人，该纳税义务属法定义务，如无特殊情况或法律另有规定，将不会转移至买方。

实践中，合伙企业通常在自己注册地的电子税务局，以每个自然人合伙人的名义完成“经营所得”个人所得税申报，并在最后将缴税推送到每个自然人合伙人，

由其各自缴纳。在该等“代为申报”的模式下，合伙企业以自然人合伙人的名义申报和付款，其不是法定的代扣代缴义务人，而是所谓的申报缴纳主体，因此

严格意义上，自然人合伙人（而非合伙企业）应当为自身未履行纳税义务的行为承担法律责任。但我们也发现一些地方性规则中存在特殊规定。例如在北京金

融办和北京市税务局等多个机关于2009年共同发布的《关于促进股权投资基金业发展的意见》中，明确了合伙企业的代扣代缴义务[1]，可能导致合伙企业被

追究相关责任。并且如若发生个人合伙人需要补差（例如预缴和年终汇算清缴结果不一致导致）的情形，在实践中也存在直接向合伙企业追缴税款的税务稽

查案例[2] 。因此，合伙企业在进行合伙形式下的份额转让型S交易时，应当将自身可能涉及的税务风险纳入考量范围。因合伙企业并非扣缴义务人及纳税义务

人，其承担税务责任后很可能根据基金合同等交易文件的约定向买方或卖方进行追偿。买方应尽量避免在协议层面留有可能（在合伙企业被追缴税款后）被合

伙企业追偿的条款，如不可避免，则应当在协议层面设置相应保护权利，使其有权进一步向卖方追究责任。

（二）法人合伙人

《91号文》制定于2000年。当时修订前的《合伙企业法》规定合伙企业的合伙人仅限自然人身份的普通合伙人。同理，《91号文》也难以预见法人主体日

后可以成为合伙人，更难以预见我国私募股权基金行业广泛采用了有限合伙作为最主要的组织形式，故仅就自然人合伙人的个人所得税问题作出了规定。所

以，《91号文》对于所得税缴纳期限和缴纳主体的规定不能直接适用于法人合伙人的税务处理。在合伙企业的法人合伙人税务分析上，一般按照《企业所得

税法》及《159号文》关于先分后税的原则性规定，分月或分季度预缴税款，并按年度办理汇算清缴。通常情况下，境内的企业法人合伙人应自行申报和缴

纳所得税，第三方无代扣代缴义务，相较于和自然人合伙人的交易，买方承担间接责任的风险相对较小，但出于最大合规考虑，也建议S基金的交易者在项

目尽调阶段具体地确认这一问题。

二、 合伙份额转让过程中的所得税处理

（一）合伙份额转让款所得税

合伙人所得税的一般规定主要解决的是合伙人就合伙企业历史收益产生的所得税处理问题，S基金交易各方应予适当关注。除此之外，与S基金交易最为密切

相关的税务处理问题，首先就是份额转让款产生的所得税如何处理。

根据我国相关税务法律法规，合伙份额转让款的所得税安排将根据转让方身份的不同而有所差异，受让方可能因转让方具有特殊身份而需要作为扣缴义务人

履行代扣代缴义务。

1.  当转让方是自然人时

如表格所示，此时合伙份额的受让方（即S基金通常扮演的角色）作为份额转让款的支付人负有代扣代缴义务。自然人对外转让合伙份额时，主流观点认为

根据《中华人民共和国个人所得税法实施条例》及《国家税务总局关于个人终止投资经营收回款项征收个人所得税问题的公告》的规定，转让“合伙企业

中的财产份额”为财产转让所得的范围，适用的税率应为20%。但也有部分税务机关在实践中主张，个人转让合伙份额应仍视为取得经营所得，进而适用

5%-35%的累进税率；另也有部分税务机关认为，此种份额转让应视为个人合伙人退伙，对其取得的清算所得适用5%-35%的累进税率，或者对转让对价

进行区分对待，份额转让款对应清算所得部分单独计算并按清算所得适用5%-35%的累进税率，对应溢价部分则适用20%的税率。

针对这一实践争议，需要关注地方税务机关的具体理解。例如，近日中共北京市委金融委员会办公室等相关部门发布的《对〈关于促进股权投资基金业发

展的意见〉有关条款进行修订的通知》（征求意见稿）在其第四条将原本较为含糊的表述：“合伙制股权基金中个人合伙人取得的收益，按照‘利息股息红

利所得’或者‘财产转让所得’项目征收个人所得税，税率为20%。”修改为：“合伙制股权投资基金对外投资分回的利息或者股息、红利，不并入企业

的收入，单独作为投资者个人取得的利息、股息、红利所得，按‘利息、股息、红利所得’应税项目计算缴纳个人所得税，适用比例税率，税率为20%”。

这一最新的政府文件拟明确适用20%税率的所得应为基金底层项目投资分红，并未将基金份额转让包括在内。结合最新的税务监管态势，笔者倾向于认为，

基金份额转让情形下，税务机关更有可能不按照20%的税率向个人投资者征收所得税，而是适用5-35%超额累进税率。我们理解，这一税务机关的观点

不仅适用于股权投资基金，也适用于FOF母基金。

综上，笔者提示S交易的各参与方密切关注最新的税务征收口径调整，并根据税务监管机关对基金份额转让行为的实时口径，积极开展相应的税务筹划。

特别是对于作为扣缴义务人的S基金而言，笔者建议S基金于开展份额转让的交易之前或者在于转让方LP进行交易谈判过程中，就上述实践口径向主管税

务机关进行具体咨询，并在在协议和实际执行层面督促转让方或者基金完成纳税义务，以避免因监管口径不一或交易安排不清而造成预期外的税率损失。

2. 当转让方为非居民企业时

如表格所示，当转让方为非居民企业时，根据《中华人民共和国企业所得税法实施条例》第九十一条，S基金作为买方，通常也有为卖方代扣代缴所得税

的义务，此时企业所得税的税率应减按10%征收。

上述(1）和(2）的情况下可能存在一个特殊问题。我们在《成长中的S基金（三）：S基金交易流程及其关键问题》中提到，基金份额转让不同于普通的

合伙企业份额转让，通常来说不应由S基金直接向卖方合伙人支付转让价款，而是遵循S基金向标的基金支付“出资款”、基金向卖方合伙人支付“退伙

结算款”的流程。那么在此情况下，S基金不是“直接的支付方”，是否还需要承担代扣代缴义务？目前为止，笔者尚未看到公开规则对此情形提供具

体指引，因此具体的税务处理存在不确定性，建议S基金在交易过程中向税务机关具体确认。

3. 当转让方是居民企业时

如若转让方是居民企业或者同样与被转让份额的基金同样采用合伙制组织形式（例如FOF母基金），份额转让款的所得税根据相关法律法规应当由转让

方正常缴纳，S基金作为份额转让的受让方无代扣代缴义务。

（二）转让方历史收益所得

除了直接与份额转让挂钩的所得税外，S基金在份额转让交易中还可能由于转让方的历史收益所得承担税务风险。常见的基金份额转让，交易对价的

考量包括了转让方LP在基金中享有的出资本金、门槛收益、超额收益的预期、基金费用以及与GP的收益分配、代扣代缴的税负等。S基金交易可能在基

金尚未完全清算，而部分项目业已退出的情况下发生，在此情况下，转让方就历史收益的纳税情况对S基金交易对价的影响至少体现在两点。

第一点，转让方并未收到现金分配却可能需要纳税。如前文所述，因为合伙企业的税务处理采取“先分后税”原则，基金前期取得任何项目所得，无论

是否已经向合伙人进行分配或作出分配决议，合伙人的纳税义务均应在“税收透明体”取得所得的时点发生。

第二点，转让方真正应得的投资收益与其应纳税所得额不一致。主要原因在于，目前的税收征管实践中，税务机关较难认可私募基金行业常用的

waterfall收益分配模式，而基金总的项目退出收益越大，按照实缴比例分配和按照waterfall分配的结果差异就越大，从而对S基金这一项税务风险的影

响越明显。

我们以一个简化的虚拟案例来更直观地感受现金流和纳税流的冲突。

假设一个合伙制基金有两名LP（为简化理解，此处暂不考虑GP的收益安排、基金费用等因素）各自实缴金额为2000万元。合伙企业将4000万现金分

别投向不同的底层资产，其中被投公司1中的投资成本是2000万元，目前经营良好。合伙人B以2500万元的价格将其所持全部合伙企业D的份额转

让给合伙份额受让方C（S基金）。

1. 合伙份额转让的税基计算

无论合伙企业D是否从被投公司中取得任何退出或收益分配，在计算合伙人B进行份额转让产生的所得税义务中，应纳税所得额可予扣除的成本都是

当初的实缴出资，即2000万元，份额转让发生后，受让方C作为扣缴义务人应按照2500-2000=500万元作为应纳税所得额，以此计算所得税额并

履行代扣代缴义务。

2. 转让方的历史收益分配在现金流和纳税流上的冲突

假设在份额转让交易前，合伙企业D将其投资被投公司1的股权全部进行处置并获得股权转让收入。根据上文已经介绍的合伙企业“税收透明体”

的特性，即使该基金底层项目退出的股权转让收入尚未对合伙人B进行分配，合伙人B也需要视同已经取得收益，并相应申报和缴纳所得税。并且，

在现金流和纳税流上，合伙人B的分配金额也可能不一致。例如，项目退出金额为5000万元时，税务机关往往按照合伙人的实缴出资比例等简单

认定合伙人之间的收益分配，因此税法上，合伙人B按照实缴出资比例视为分配的收益应为2500万元，超过其投资本金2000万元，股权投资成本

已经全部收回。但如果根据常见的waterfall分配结构，合伙人B实际应当分配的金额应当为2000万元本金，加上按照本金与年化收益率以及投资

时间相乘计算得出的门槛收益（假设按照8%年单利和满2年退出分配计算，门槛收益为320万元），剩下的180万元需要全部分配给GP（直至LP和

GP之间的分配比例达到8:2）。因此，现金流和纳税流上，合伙人B的分配金额相差180万元。

由于上述现金流和纳税流的冲突，转让方的已纳税金额和应纳税金额出现差异的情况十分容易发生。如上文所述，转让方对历史收益所得的应纳税

额和已纳税额出现差异时，合伙企业可能会承担风险，并可能向受让方追责。就此风险，S交易可能需要考虑基金已退出项目的收益分配和税务申

报情况对份额转让对价进行适当调整或特殊安排。

三、合伙份额转让后的税基穿透

税基穿透问题主要出现在法人合伙人与非法人合伙人的区别中。

在合伙人为法人的情况下，因其能够将投资成本纳入企业报表，根据《国家税务总局关于企业股权投资业务若干所得税问题的通知》（国税发

〔2000〕118号）（“《118号文》”）“企业股权投资转让所得或损失是指企业因收回、转让或清算处置股权投资的收入减除股权投资成本后

的余额”以及合伙企业“税收透明体”的原则，自然能够将项目处置收入与份额转让取得的成本一并计入并予以扣除。

但是非法人合伙人中的合伙企业合伙人（基金或其他形式，穿透至上层可能存在自然人合伙人）以及自然人合伙人，因一般并不编制报表做账，

仅就每笔收入进行单独确认，份额转让取得的成本能否穿透计入存在实践争议。

我们在上述案例的基础上进一步延展说明。如果新合伙人C（或者说是S基金）是非法人企业，在C通过受让份额进入合伙企业D后，合伙企业D

将其投资被投公司的股权全部进行处置，应纳税所得额可通过以下公式确认：

T=R*P-（X*P）

其中，T为应纳税所得额；R为项目处置收入；P为合伙人所持合伙份额的比例；X为合伙人的投资成本。

如本案例所示，合伙企业自底层项目退出取得5000万元股权转让收入，新进入基金的合伙人C能否就其投资标的基金的税基进行穿透，在实务

中存在不一观点。部分税务机关认为，计算项目处置的所得应当以合伙企业对各项目的初始投资成本确认税基，即X应当为“合伙人对合伙企业

的投资成本”，与其合伙份额比例对应，代入公式计算为5000*50%-2000*50%=1500万元。

而另有税务机关主张，纳税人应当能够就其进入基金的投资成本整体确认税基，即将其转让获得合伙份额的成本穿透计入在其比例下合伙企业对

各底层项目的投资成本，公式中的X应当为“合伙人进入合伙企业，获得项目收益机会的投资成本”，代入公式计算为5000*50%-2500*50%=

1250万元，新进合伙人从而能够得到更为优惠的税基。

在上述法人合伙人与非法人合伙人的差异下，部分自然人合伙人可能会在预见该等税基难以被确认的情形后，提前将其所持合伙份额转让给关联

方，该等操作一般被视为过分的不具合理商业目的的税务筹划，徒增个人合伙人的负担。期待在相关穿透被法律明确的前提下，该等乱象能够得

到合理监管或被明确禁止。但是，需要提请S基金交易参与方注意的是，税务机关如认为基金份额的公允价值显著高于投资成本，可能基于其对

交易的价格认知，主动调整提高计税基础。

四、结语

在当前大量境内私募股权投资基金进入退出期、宏观经济环境变化的大背景下，S基金作为退出路径之一，已被越来越多的私募股权市场参与

者关注和了解。本《成长中的S基金》系列聚焦快速崛起的S基金市场和最新的监管口径及政府鼓励政策，从交易概览及模式、法律尽职调查、

交易流程及其关键问题和本篇所述税务分析及筹划四大方面入手，试图为各类S基金交易参与方勾勒一个基本的S基金交易画像。

相较于海外已经成熟和繁荣的S市场，境内S基金的发展尚方兴未艾。在众多市场参与方看好并愿意尝试S基金交易的同时，境内S基金交易也

存在包括但不限于本系列介绍的估值定价、信息交互、国资参与等具有挑战性的难题。随着各地纷纷出台大力发展S市场、政府主导下的各百

亿级S基金陆续落地、证监会也明确计划扩大并深化探索私募基金份额转让试点，S基金发展的政策环境、生态系统等已初步建立。

我们相信，虽然实践中可能因缺乏各类经验而引致种种顾虑，但在政府鼓励支持与市场积极探索两方面因素的共同推动下，作为私募股权退

出路径“新质生产力”的境内S基金正迈过其发展最迷茫的阶段。“轻舟已过万重山”，随着更成熟更健全的行业建设和更多元化的创新，S

基金市场的“千里江陵”正勃勃生机、万物竞发，这一新兴领域在不久的将来万类竞自由的境界，已在眼前。

脚注

[1] 合伙制股权基金和合伙制管理企业的合伙人应缴纳的个人所得税，由合伙制股权基金和合伙制管理企业代扣代缴。其中通过法人单位分得

的个人所得，由该单位负责代扣代缴个人所得税。

[2] 根据税务官方媒体报道：例如国家税务总局十堰市税务局、国家税务总局深圳市前海深港现代服务业合作区税务局等税务机关，曾有过向

已注销的合伙企业、多层嵌套的合伙企业等税务申报主体开展调查并要求企业补缴个人所得税款及滞纳金的稽查案例。

http://www.ctaxnews.com.cn/2024-02/01/content_1034443.html、http://www.ctaxnews.com.cn/2024-02/26/content_1034748.html。